院长：宋应星（英灵召唤）
院训：开物成务，穷理尽性
工学院乃本校支柱，以实践为本，探究万物之工巧。下设天工开物系，专研物理、化学、材料之学；舆地营造系，则掌土木、水利、建筑之道。旨在培养能工巧匠，以实学报效国家。
院长：钱谦益（英灵召唤）
院训：博古通今，厚德载物
文学院为本校之灵魂，以传承为任。下设永乐大典研究中心，致力于古代文献之整理与数字化；声律训诂系，则精研音韵、文字、训诂之学，以求文辞之精义。旨在培养饱学之士，以文教化天下，就是教学楼附近池水冰凉，请诸生注意。
院长：徐光启（英灵召唤）
院训：格物致知，求是创新
理学院乃本校探究宇宙奥秘之所在。下设观星司，以天文望远镜观测星象，推演历法；筹算系，则以算盘与算草为基，融合西方几何与代数，探究数理之本源。旨在培养能洞悉天人之际的学者。
院长：李时珍（英灵召唤）
院训：大医精诚，悬壶济世
医学院以救死扶伤为天职。下设本草纲目研究所，系统整理天下药材，并以现代科学方法分析其效用；奇经八脉科，则深入研究人体经络之谜，结合解剖学，以求疗愈之术。旨在培养仁心仁术的医者。